Questa chiesa, che fu distrutta nel 1164, fu poi ricostruita sugli stessi ruderi ma dedicata a S. Sebastiano, in quanto il culto per i S.S. Cosma e Damiano si era ormai affievolito. Solo ai primi del ‘700 il culto verso i Santi Medici riprese vigore, per merito sia dei religiosi che dei sacerdoti. Nel 1771 sorse così la chiesetta, in stile barocco, piccola ma dignitosa ove sono stati onorati i Santi per oltre un secolo e mezzo, fino al 1957, anno in cui fu aperto al culto il nuovo santuario.
Dopo il secondo conflitto mondiale, avendo constatato che la chiesetta non era più capace di ospitare la folla di fedeli, che a migliaia vi si recavano nel giorno della festa (27 settembre), il popolo ebolitano cominciò a costruire un nuovo e più grande luogo di preghiera. Tra il 1949 e il 1950 furono gettate le fondamenta su un suolo donato dall’amministrazione comunale per la costruzione del nuovo santuario. Il materiale utilizzato per la realizzazione dell’opera fu prelevato dalle macerie provocate dalla guerra. Sorse così un cantiere insolito: per la realizzazione dell’opera i fedeli si trasformarono infatti in operai e manovali.
Il nuovo santuario è a una sola navata e ha le pareti laterali, l’abside e l’arco maggiore ricoperte da mosaici. La chiesa ha, sia lungo le pareti che nell’abside una serie di finestroni decorati con vetrate artistiche che rappresentano la vita dei Santi Martiri. Nel santuario si possono ammirare due tele; una raffigura una “Immacolata” di Giovanni Bernardo Lama del XVI secolo, l’altra una “Deposizione” di scuola siciliana del 1700.